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Swartz nacque a Chicago, da Susan e Robert Swartz. La famiglia, di origine ebraica, viveva a Highland Park, nell'Illinois. Il padre fondò una società di software, e già da giovane Aaron si interessò di computer, di internet e della sua cultura. A 13 anni vinse il premio ArsDigita, una competizione indirizzata a giovani per la creazione di siti web non commerciali a carattere educativo e collaborativo. Il premio includeva una visita al Massachusetts Institute of Technology (MIT) con la possibilità di incontrare diversi esperti della rete.

A 14 anni iniziò a collaborare con esperti di network diventando coautore della specifica RSS 1.0. Ancora giovanissimo, partecipò alla progettazione del codice sorgente delle licenze Creative Commons e alla loro diffusione.^[1] In seguito frequentò l'Università di Stanford, lasciandola dopo un anno per fondare l'azienda di software Infogami, una startup finanziata da Y Combinator. Da qui Swartz si trovò a lavorare al sito web Reddit. Superate le difficoltà iniziali, il sito decollò fino ad avere milioni di utenti al mese. Alla fine del 2006, dopo mesi di trattative, il sito fu venduto al gruppo Condé Nast, già proprietario della rivista Wired.

Swartz si trasferì a San Francisco per continuare a lavorare al progetto, ma nel gennaio del 2007 gli fu chiesto di dimettersi dal suo incarico. In quel periodo cominciò a soffrire di depressione.^[3] Nel settembre 2007, insieme a Simon Carstensen lanciò Jottit, mentre nell'anno accademico 2010-2011 contribuì attivamente all'Edmond J. Safra Ethics Center presso l'Università di Harvard. Swartz fu anche il creatore del web application framework web.py, e cofondatore di DemandProgress, iniziative volte a esercitare pressioni sul Congresso degli Stati Uniti per la tutela della libertà d'espressione online e su temi analoghi.

Il 6 gennaio 2011 fu arrestato ma subito rilasciato su cauzione per aver scaricato buona parte del database JSTOR di articoli accademici tramite la rete open access del MIT. Partì subito un'indagine da parte dell'FBI sulla base delle accuse di JSTOR, basate sul fatto che si trattava di contenuti accessibili solo a pagamento. Solo in seguito, per decisione della stessa JSTOR, concessero la consultazione gratuita del materiale scritto entro il 1923.

Nel processo previsto ad aprile 2011 per il download del materiale di JSTOR e del MIT, in caso di condanna avrebbe avuto una multa fino a 1 milione di dollari e una condanna fino a un massimo di 35 anni di carcere, dopo che le autorità USA avevano portato il numero di imputazioni a suo carico da 4 a 13.^[4] Venne trovato privo di vita nel suo appartamento newyorchese di Crown Heights, nel quartiere di Brooklyn, venerdì 11 gennaio 2013.^[5][6][7] Un portavoce del New York Medical Examiner dichiarò che l'informatico si era suicidato per impiccamento. Non è stato trovato nessun biglietto o lettera d'addio.^[8] I funerali si sono tenuti il 15 gennaio 2013, con rito ebraico, nella sinagoga di Central Avenue a Highland Park, Illinois.^[9]

Frequentò l'Università di Stanford abbandonandola dopo appena un anno per fondare una compagnia di software, la startup Infogami, grazie al finanziamento di Y Combinator's, un incubatore aziendale fondato dallo scrittore e programmatore Paul Graham.^[10]

Attraverso il programma Y Combinator, Swartz cominciò a costruire la piattaforma wiki Infogami, usata in seguito per sostenere i siti Biblioteca web.py e Open, ma sentiva il bisogno della presenza di partner per andare avanti e gli organizzatori di Y-Combinator suggerirono la fusione tra Infogami e Reddit, che avvenne nel novembre del 2005. Mentre Reddit inizialmente ebbe qualche difficoltà di sviluppo, il sito in seguito crebbe in popolarità, con milioni di utenti connessi ogni mese. Alla fine del 2006, dopo mesi di trattative, fu ceduto a Condé Nast, editore della rivista Wired. Swartz si trasferì con la sua azienda a San Francisco per lavorare a Wired, ma nel mese di gennaio del 2007 gli fu chiesto di dimettersi dal suo incarico. In quell'epoca Swartz si descrisse come malato e soffrì di una forte depressione per tutto il 2007. Nel settembre del 2007, assieme a Simon Carstensen lanciò Jottit.

Nel 2007 fu tra i creatori di Open Library,^[11] progetto di biblioteca digitale dell'Internet Archive.^[12] Open Library raccoglie schede catalografiche relative a opere bibliografiche che chiunque può inserire e modificare, una raccolta di opere digitalizzate in pubblico dominio e, dal 2010 offre un servizio di prestito di ebook moderni in collaborazione con distributori e biblioteche statunitensi.^[13] L'intero progetto è basato su software libero e open source.

Aaron fu molto attivo nella campagna per fermare lo Stop Online Piracy Act o SOPA, la legge del governo statunitense che si riprometteva di punire in maniera severa chi violava il copyright. A seguito del successo della campagna per fermare la legge, condotta attraverso la rete di attivisti Demand Progress,^[14] Swartz fu l'oratore principale della F2C: libertà di connessione, un evento tenutosi a Washington il 21 maggio 2012, sul tema Come abbiamo fermato la SOPA:^[15][16]